Sua fundação ocorreu em 1977, quando passou a ser concebido pela comunidade acadêmica como Museu de Anatomia Humana. Os idealizadores do museu abraçaram, nesta circunstância,  a missão de apoiar o papel social do aprofundamento do conhecimento sobre o corpo humano, ao provocar o cidadão a respeito da responsabilidade de "conhecer-se a si mesmo".

Ao longo dos anos, o MAH se consolidou como uma coleção científica produzida à várias mãos por anatomistas pioneiros da Universidade de Brasília, que se deu sobretudo em função do empenho de alunos, servidores e docentes que coletaram materiais e produziram, pela arte da dissecação, objetos de ensino e cultura importantes para a divulgação e o estudo das ciências morfológicas. Estes fazeres construíram a coleção do MAH, que há mais de 40 anos vem contribuindo para a formação de profissionais da saúde, além de proporcionar ao público em geral a possibilidade de se aproximar à ciência anatômica, por meio da visualização de segmentos corporais dissecados, cadáveres, embriões e fetos humanos. Além disso, no decorrer de sua história o MAH fez cultura no âmbito das ciências morfológicas por meio do atendimento às escolas de ensino fundamental, médio, técnico e superior, posicionando-se como um espaço de divulgação científica importante no Distrito Federal.

O Museu de Anatomia Humana da Faculdade de Medicina da UnB é um dos espaços institucionais que participa ativamente da Semana Nacional de Museus, da Primavera de Museus, da Semana Nacional de Ciência e Tecnologia no Distrito Federal e da Semana Universitária.